Les UFR (Unités de Formation et de Recherche) sont dirigées par des conseils démocratiquement élus qui organisent la vie de chacun des départements académiques de l’Université. Ils ne font donc pas partie des Conseils centraux. Ils sont affectés des mêmes missions que le CA et la CFVU, mais à l’échelle de leur UFR, ce sont donc les instances les plus proches des étudiants : répartitions budgétaires, questions académiques, vie étudiante, etcaetera. La très grande majorité des décisions prises en Conseil d’UFR doit être validée par la CFVU puis par le CA.

La composition et le nombre de sièges (notamment étudiants) des Conseils d’UFR dépendent de chaque UFR, et est renouvelée tous les 2 ans pour les étudiants, et 4 ans pour les personnels de l’Université.